Σε περιπτώσεις που η συντηρητική ενδοδοντική θεραπεία αποτύχει, το δόντι δεν καταδικάζεται. Δεν είναι λίγες οι περιπτώσεις που το περιστατικό συμπληρώνει το χειρουργικό κομμάτι της ενδοδοντικής θεραπείας, η ακρορριζεκτομή με ανάστροφη έμφραξη. Στην επέμβαση αυτή, αφού σηκωθεί κρημνός και αφαιρεθεί η αλλοίωση που υπάρχει γύρω από την άκρη της ρίζας του δοντιού αφαιρούνται τα 3 χιλιοστά της άκρης της ρίζας (ακρορριζεκτομή) τα οποία συνήθως περιέχουν τα περισσότερα μικρόβια. Το υπόλοιπο τμήμα του δοντιού καθαρίζεται ανάστροφα με τη βοήθεια υπερήχων και στη συνέχεια εμφράσσεται με σύγχρονα βιοσυμβατά υλικά (ανάστροφη έμφραξη). Ο κρημνός επαναφέρεται και μετά από λίγες ημέρες κόβονται τα ράμματα. Η διαδικασία της ακρορριζεκτομής με ανάστροφη έμφραξη αυξάνει το ποσοστό διατήρησης της φυσικής μας οδοντοφυΐας.
Χειρουργική προσέγγιση μπορεί να χρειαστεί και σε άλλες καταστάσεις όπως , πχ. η εξωτερική απορρόφηση. Στην περίπτωση αυτή καθαρίζεται η βλάβη και εμφράσσεται διεγχειρητικά.